Но хотелось бы, чтобы она выполнялась не для всех тестов, а для конкретных! Как можно указать тесты, для которых эта настройка будет применяться в JUnit?
В тестНГ можно тесту добавить группу, например customWaitForIdle.
в BeforeMethod модно проверять есть ли у теста такая группа и если есть то задавать вашу капабилити, а если нет то нет.
Думаю в jUnit тоже есть чтото наподоьие групп для тестов, если нет то можно свою аннотацию сделать и перед тестом смотреть если аннотация есть то задавай такую капабилити, а если нет то не задавай.