Thucydides автоматически закрывает алерт, то есть не нажимает кнопки [Ok] или [Cancel]. Просто закрывает само окно.
Ставил ожидание на алерт, но тест падает с ошибкой по таймауту, что мол алер найти не смог.
Все дело в снятии скриншота. Как вы наверно знаете перед и после каждого степа thucydides снимает скриншот(настройка по умолчанию). Дак вот в степе, после которого открывается алерт необходимо сделать снятие скриншота только при ошибке: @Step @Screenshots(onlyOnFailures = true)