Вообще то codeception должен быть установлен отдельно (независимо, желательно через composer).
а коротко shell должен быть приблизительно такой:
<полный путь к codeception (у меня linux путь /usr/vendor/bin)>codecept.bat run acceptance
Создаем папочку куда будем ставить кодесепшн (к примеру D:\CODE)
В консоли заходим в эту папочку ( cd d:\code)
Ставим содесепшн (php composer.phar require "codeception/codeception:*") если композер поставил глобально то composer require "codeception/codeception:*"
Вроде все, путь к codeception будет d:\code\vendor\bin\codecept.bat
PS: Потом кстати будет удобно через композер обновлять кодесепшн.
Где угодно, главное в ней запускать композер, он там жсон базу создает установленного, для дальнейших обновлений. Только не делай длинных путей особенно с пробелами, замахаешся потом.