А запускать нужно программно или через командную строку?
Потому как если такая структура присутствует, то можно запускать конкретные тесты из папки так:
import nose
import sys
nose.run(argv=[sys.argv[0], '-v'], defaultTest=["test_temp/test_folder1", "test_temp/test_folder2"])
argv=[sys.argv[0] крайне желателен. Если хочется всегда иметь подробный вывод, то можно сделать argv=[sys.argv[0], '-v'], но я бы argv=[sys.argv[0], '-v'] заменил на argv=sys.argv + ['-v'], тогда мы в nose передадим все ключи, которые передали в наш скрипт + гарантируем подробный вывод. Но тут уже зависит от ситуации и потребностей.