Как в pandoc отправить сразу целую папку с поддиректориями в html для конвертации в markdown (на выходе тоже хочу папку с той же структурой)?

Есть папка с html-страницами, которые сгенерировал инструмент создания автодокументации (doxygen) . Хочется иметь тоже самое, но в markdown разметке, doxygen так не умеет.

Поставила pandoc, но там вроде бы можно только файл to файл исправлять, а мне хочется сразу папку to папку, причем с учетом возможной вложенности других папок. Может кто работал, знает, можно так делать или нет вообще? Или хотя бы кинет на документацию, где раскрывается эта тема. В официальной документации вроде такого нет.

Если кто-то знает способы лучше/проще, буду только рада их узнать!