Проблему вы не решили, а обошли. Вот несколько неблагоприятных сценариев.
1. Элемент невидим - тесты passed
2. Элемент disabled - тесты passed
3. Элемент отсутствует - невнятный эксепшен JavaScriptError, например в IE - и вовсе без поясняющей информации
4. Не отработают эвенты навешанные на элемент. Я не сильно знаком с jquery, но мне кажется onclick вряд ли отработает при $().val()
Т.е. вы можете получить абсолютно противоположенную ситуацию - скрипты будут вводить текст, а вот руками не выйдет.
Я не говорю, что нельзя использовать js, но это должно быть последним решением.
Судя по вашим ответам, скорее всего, проблема все же в драйвере. И вы не указали версию браузера/селениума/драйвера(если таковой используется) и его конфигурации.
Еще варианты:
1. Использовать AdvancedUserInteractions, класс Actions в частности, в различных вариациях:
.click(el).sendKeys("").perform();
.moveToElement(el).click().sendKeys("").perform();
.sendKeys(el,"").perform()
2. Попробывать запустить в другом браузере
3. Попробовать другие версии селениума/драйвера/браузера
Естественно, все это имеет смысл делать при наличии времени и интереса.