когда запускается тест, запускается браузер и при вводе урла - появляется модальное окно (сверху всех). посмотреть локаторы для ввода логин/пароля не могу т.к. нет возможности запустить fire bug или ide.
в тестах можно использовать стандартный фреймворк от студии - coded ui test. Он нормально работает с виндовыми окнами.
Сам решал такую пролему так - первый раз тест запускается руками, вводится логин, пароль, ставится галочка сохранить - и следующие тесты, после webdriver.navigate - вызывал Keyboard.SendKey(Kes.Return) (писал по памяти)
Тогда нажатие клавиши Enter обрабатывалось нормально и пароль "проглатывался"
Можно было бы и реализовать ввод логина и пароля в виндовое окно напрямую через coded ui test, но "топорное" решение то же устраивало, т.к. оно было временным, поэтому дело до этого не долшло.
А по поводу автоита - имхо, относительно нормальное решение, аля:
из тестов, после первого Navigate запускать скрипт автоита который будет вводить логин, пароль, нажимать Enter