Robotium+Spoon метод Spoon.screenshot делает скриншот не той активити.

Метод:
Spoon.screenshot(this.getActivity(), this.getName());
Где бы он не был возвращает скриншот первой активити-загрузки

А что мешает использовать инструменты роботиума для создания скриншотов?

Spoon автоматом закидывает картинки на комп и визуализирует информацию по тестам

Spoon будет делать скриншот именно той activity, что указана в ActivityInstrumentationTestCase2. Это связано с тем как он делает скриншот. Если хотите чтобы был скриншот окна как видит юзер, то надо пилить самому. Например, используя screencap, но тогда девайс надо рутить.